El origen de la formación de las comunidades se remonta al Siglo XVI, por diferencias religiosas en la conceptualización del sacramento del bautismo los anabaptistas sufren un sisma al interior, el problema ritual que dio pie a la disensión consistió  en la edad ideal para otorgar el bautismo y con él, el derecho a ser miembro de la iglesia. Para unos lo ideal era al nacimiento y para otros al alcanzar la adultez, esta disputa originó la expulsión, persecución y destierro de quienes estaban a favor del bautismo consciente, obligándoles a emigrar y diseminarse por todo el Norte de Europa.

En la actualidad hay más de 320.000 menonitas dispersos en distintas partes del mundo. 
A principios del siglo XVI los precursores se establecieron en una franja costera sobre el mar del Norte, correspondiente a Holanda y Alemania con la idea de volver a la autentica fe cristiana y a los fundamentos de la bíblia.

Los menonitas constituyen la más antigua de las iglesias evangélicas, surgiendo en 1527 como «ala radical» de la reforma protestante. Su radicalismo tocaba temas como la separación entre iglesia y estado, el bautismo tan sólo de creyentes, la no violencia y objeción de conciencia a las guerras, y su insistencia en la naturaleza de la iglesia como comunidad de discípulos de Jesús comprometidos a un estilo de vida de santidad. Más que reformar la iglesia, pretendían restaurarla, siguiendo para ello con sencillez testaruda el modelo, el ejemplo y la enseñanza del Nuevo Testamento. Orígenes de los menonitas.

Obviamente, lo que en el Siglo XVI parecía «radical» o incluso revolucionario y peligroso, hoy ha llegado a ser bastante frecuente entre evangélicos.

Según datos recopilados en 1996-97 los menonitas constituían 192 entidades nacionales en 60 países, cuyos miembros adultos bautizados sumaban 1.060.143 hermanas y hermanos. Los países con mayor número de menonitas bautizados eran los EE.UU., con 287.345; la República Democrática del Congo, con 175.837; Canadá, con 128.633; y la India, con 87.466. En Europa, Alemania contaba con el mayor número de miembros bautizados: 39.610. Obviamente, esta cifra no deja de suponer una pequeña minoría tanto respecto a los cristianos en general, como respecto a la población mundial total. Estadísticas menonitas mundiales.