La organización política dentro de la comunidad menonita se encuentra perfectamente bien definida desde su llegada a tierras mexicanas y así ha venido funcionando hasta nuestros días. El grado o escalafón máximo de autoridad lo ostenta el primer obispo, este tiene un asesor y sustituto a quien se le da el grado de segundo obispo, que junto con los diáconos y predicadores se encargan de la tarea de la predicación del evangelio.

Pero además el primer obispo tiene autoridad sobre todos los otros asuntos que no sean de carácter religioso, opinando, asesorando y decidiendo sobre lo mejor para la congregación. Cualquier asunto de importancia que afecte a la comunidad en general o a alguna colonia o familia en particular, deberá ser consultado con el obispo, y este efectuará un consenso general entre los hombres del pueblo que sean mayores de edad, antes de tomar una decisión definitiva. 

Para poder elegir a un obispo se efectúa una ceremonia especial a donde se invita a toda la congregación . Podrán ser votados solo las personas que ostenten el grado de predicadores o sacerdotes . La elección es secreta y al final de la ceremonia religiosa se informa a la comunidad el nombre del obispo electo En la elección de sacerdotes o predicadores participan como electores y como elegidos todas las personas hombres que sean mayores de edad, que sean casados y que tengan casa y tierras propias. La elección se realiza un domingo durante la ceremonia religiosa y la votación es secreta. No existen candidatos predeterminados, cualquier hombre que cumpla con los requisitos podrá votar y ser votado. 

Este comité de administración esta facultado para intervenir en todos los problemas que se presenten dentro de la comunidad. Una de las funciones de dicho comité es la de administrar el dinero que por medio de colectas se reúne para ayudar a los pobres, los huérfanos, los ancianos, los enfermos y las viudas. Cuando hay bienes heredados a menores de edad, ancianos, enfermos o personas incapacitadas para cuidar de estos y realizar una adecuada inversión, el comité de administración elige a dos tutores en el caso de los menores o a dos administradores en cualquier otro de los casos, para que cuiden y hagan producir estos bienes, con el dinero se podrán otorgar créditos en forma de prestamos a terceras personas y los intereses que se obtengan ingresarlos al capital. Los prestamos únicamente se otorgan a los integrantes de la comunidad menonita.

El primer administrador funge como representante o apoderado de la congregación menonita ante el gobierno mexicano; federal, estatal y municipal y ante los gobiernos de otros países. El tiempo durante el cual desempeña sus funciones es de dos años y al término de su administración podrá ser reelegido si la comunidad así lo decide. La forma de elección es igual que para con los sacerdotes, o sea que participan todos los hombres de la congregación, mayores de dieciocho años, casados, con casa propia y tierras de cultivo, cualquiera  de estos puede elegir y ser elegido para ocupar el cargo de administrador general también conocido como gobernador. Cada colonia cuenta además con un representante de la misma, el cual forma parte del consejo de administración. No pueden participar en elecciones a cargos públicos propuestos por cualquier partido político, puesto que su doctrina establece que no se deben de ambicionar poderes políticos y en cambio si exige cumplir y respetar las leyes y reglamentos emitidos por el Estado.

Nunca recurren a instancias jurídicas o a los tribunales emanados del Estado, puesto que los conflictos surgidos entre los habitantes de su propia congregación son ventilados y solucionados entre ellos mismos. Solamente se ocurre a los citados tribunales cuando sufren de un abuso o una agresión por parte de personas ajenas a su organización y que se considere que se pueda correr peligro para su seguridad o integridad física.